Benedyktyni. Twórcą reguły zakonu był w VI w. św. Benedykt. Reguła jego polegała na wspólnym życiu pod ojcowską opieką dożywotniego opata, bezustannej pracy, ciągłych modlitwach i umiejętności przystosowywania się do różnych warunków. Św. Benedykt założył klasztory w Monte Cassino i Subiaco. Reguła ta rozpowszechniła się szybko w całej Europie chrześcijańskiej, wyparła wiele innych i stała się panująca aż do końca XI w. Na regule tej wzorowanych jest wiele innych, m.in. zakonu kamedułów i cystersów.
Wzgórze klasztorne jako twierdza kilkakrotnie odegrało doniosłą rolę w historii. W pierwszej połowie XIII w. było widownią zmagań o tron krakowski między Konradem Mazowieckim a Bolesławem Wstydliwym. W 1260 r. prawdopodobnie broniło się przeciw Tatarom i padło ich pastwą. W czasie wojen szwedzkich klasztor umocniono, otoczono szańcami. Ślady ich widzimy w dzisiejszym ogrodzie klasztornym od strony południowej, w postaci ziemnych bastionów. Szwedzi w okresie „potopu” złupili klasztor, a z biblioteki zrabowali wiele cennych rękopisów. Chlubnie zakończył Tyniec swą karierę jako forteca w czasie konfederacji barskiej. W latach 1771-72 stanowił silną ostoję konfederatów. Zorganizowali oni śmiały wypad do Skawiny, gdzie zadali wojskom rosyjskim dotkliwe straty w ludziach i zdobyli cały transport żywności. Tu też odparli pierwszy szturm wojsk rosyjskich pod dowództwem płk. Suworowa (20-21.V.1771 r.) oraz wytrzymali przez trzy dni (30.IX.—2.X.1771 r.) trwające oblężenie twierdzy i ostrzeliwanie jej z Piekar przez artylerię rosyjską; Rosjan wspomagało kilkuset żołnierzy polskich pod wodzą współpracującego z nimi dowódcy – Branickiego. Konfederaci odparli dwukrotny szturm wroga i zmusili go do odstąpienia. Stąd też nocą 1-2.II.1772 r. 150 konfederatów dokonało śmiałego wypadu na Wawel, do którego dostali się podziemnym kanałem, podstępem zdobyli i utrzymali przez okres prawie trzech miesięcy. Dopiero 23 kwietnia zostali głodem zmuszeni przez Rosjan do odstąpienia. Ostatecznie, jako jeden z ostatnich punktów oporu konfederatów, twierdza została poddana wojskom austriackim przez komendanta mjra Wilkońskiego, w dniu 12.VII.1972 r.
Stan obecny wzgórza klasztornego i jego zabytki. Rozwój architektoniczny wzgórza klasztornego można podzielić na pięć okresów:
1. Od połowy XI w. do 1259 r. Na miejscu dzisiejszej zakrystii stało małe oratorium nie posiadające absydy, z którego zachował się w krużganku narożnik, a w obecnym prezbiterium – trzynawowy kościół murowany z drugiej połowy XI w. Każda z naw zakończona była półokrągłą absydą; założenie architektoniczne kościoła znaleziono pod obecną posadzką. Wśród resztek tego kościoła odkryto groby opackie, zawierające cenne przedmioty liturgiczne.