Później niszczyli klasztor jeszcze Szwedzi, poważnie ucierpiał on w czasie konfederacji barskiej. Za każdym razem był jednak odnawiany. Ostatecznej klęski doznał w 1831.r., wskutek pożaru od pioruna. Potem odnowiono tylko kościół – jako parafialny. Dotychczasowy parafialny kościółek z XII w., stojący na cmentarzu, a fundowany przez Piotra ze Skrzynna (Dunina), został wtedy rozebrany. W 1905 r. biskup krakowski Jan Puzyna odnowił opatówkę i fasadę kościoła. Po II wojnie światowej odbudowano tylko południowo-wschodnią część klasztoru.
Godniejszym uwagi w dzisiejszym bazylikowym kościele, pochodzącym z XVII w., są: ołtarz główny z czarnego marmuru (Franciszek Placidi) z połowy XVIII w., piękne, lipowe, wczesnobarokowe stalle i oryginalna rokokowa ambona o kształcie płynącej na fali Łodzi Piotrowej. Obie nawy boczne powstały przez połączenie sześciu kaplic; w kopułach ozdobione są polichromią Andrzeja Radwańskiego (1754 r.). Podobnie jak klasztor, kościół również stoi na resztkach kilku wcześniejszych świątyń (romańskiej, gotyckiej). Za południowym skrzydłem klasztoru, po stoku do stóp wzgórza, ciągnie się ogród klasztorny, otoczony murem z XVII w. Znajdują się w nim ślady szańców z okresu wojen szwedzkich. W ogrodzie zakonnicy uprawiają owoce, warzywa, kwiaty.
Tyniec i „Krzyżacy”. Siłą swej wyobraźni Henryk Sienkiewicz w Tyńcu umieścił początek swej słynnej powieści „Krzyżacy”, tak brzmiący: „W Tyńcu, w gospodzie pod „Lutym Turem”, należącej do opactwa, siedziało kilku ludzi słuchając opowiadania, wojaka bywalca…]”. Gospody tej już w Tyńcu nie ma (istnieje nowa restauracja o tej nazwie), jednakże w czasach powieściowych znajdowała się jakoby w pobliżu klasztoru. W Tyńcu też nastąpiło spotkanie bohaterów tej powieści, Maćka i Zbyszka z Bogdańca, z dworem księżnej mazowieckiej i z jej dwórką, Danusią.