Początkowo benedyktyni spełniali ważną misję cywilizacyjną, poprzez szerzenie oświaty, znajomości pisma, przepisywanie starych dokumentów i dzieł, dzięki czemu wiele z nich ocalało. Ponadto dużą rolę odegrali w krzewieniu nowych sposobów uprawy roli i roślin. W późniejszym czasie mnisi sami, nie zawsze legalnymi drogami, zabiegali o powiększenie swoich posiadłości. W wyniku, tego do połowy XV w. klasztor posiada olbrzymią fortunę, złożoną ze „stu wsi i pięciu miasteczek” (Skawina, Kłoaczce, Opatowiec, Tuchów i Brzostek) i zaliczał się do najbogatszych w Polsce, jak pisze o nim Jan Długosz.
Wobec konieczności zarządzania olbrzymimi dobrami, klasztor zaniedbał swoich obowiązków cywilizacyjnych. Jednak jego znaczenie wśród innych klasztorów benedyktyńskich w Polsce nadal było dominujące: dla wielu stał się macierzystym, a nad wszystkimi spełniał wiodącą rolę arcyopactwa, tynieccy zaś opaci mieli prawo do stalli w katedrze krakowskiej. Na pewien, krótki zresztą czas, przypomniał o właściwym powołaniu klasztoru Mikołaj Mielecki (60-ty z kolei opat), który utworzył przy klasztorze szlołę (gimnazjum tynieckie), celem kształcenia zakonników, księży i nauczycieli. Ponadto założył bibliotekę i dbał o podniesienie oświaty.
Po śmierci Mieleckiego (1604 r.) klasztor coraz bardziej podupadał. Do 1745 r. trwała epoka komendatariuszów, czyli opatów cywilnych, mianowanych przez panujących, dla których wygodnie było nagradzać zasłużonych dla siebie i dla państwa ludzi intratnymi dobrami klasztoru. Opaci ci pełnymi na ogół garściami korzystali z tego przywileju, a nawet doprowadzali do gorszących sporów itp. Na początku XIX w. osiedli tu na krótko benedyktyni, wypędzeni z Bawarii. Za oświadczenie się klasztoru w czasie wojen napoleońskich po stronie polskiej władze austriackie w 1817 r. klasztor skasowały, a mnichów rozproszyły. Do 1831 r. w Tyńcu przebywali z kolei jezuici. W latach 1821-26 istniała diecezja tyniecka, przeniesiona później do Bochni.
W 1900 r. zabudowania klasztorne stały się własnością biskupstwa krakowskiego i umieszczono w nich kolonię wakacyjną dla kleryków. W 1939 r., kardynał Adam Stefan Sapieha ponownie sprowadził benedyktynów (z Belgii), zamierzał bowiem klasztor odbudować, ale II wojna światowa przeszkodziła w realizacji tych zamiarów.
W 1973 r. Tyniec został przyłączony do Krakowa jako osiedle wiejskie.